Q & A : Terkait Ekspresi Gen, Apa yang Dimaksud Dengan Ekspresi Temporal (Temporal Expression)?

Karena kegiatan kuliah AGH634. Rekayasa Genetika Tanaman sedang berjalan, ada baiknya diulas (review) pertanyaan-pertanyaan dan diskusi yang berkembang di dalam kelas. Salah satunya adalah “Terkait ekspresi gen, apa yang dimaksud dengan ekspresi temporal (Temporal Expression)?

Dalam konteks kuliah AGH634. Rekayasa Genetika Tanaman – yang dimaksud dengan ekspresi temporal (temporal expression) adalah terkait dengan pola mekanisme regulasi ekspresi gen dalam suatu periode waktu tertentu. Sebagai contoh, dalam satu periode waktu antara 0 – 24 jam setelah diberi perlakuan – apakah ekspresi gen-nya mempuyai pola meningkat atau menurun. Contoh lain, terkait dengan perkembangan buah sejak saat antesis (penyerbukan) hingga buah masak fisiologis – apakah ekspresi gen yang dievaluasi mengalami peningkatan pada periode tertentu atau justru mengalami penurunan. Yang demikian itu disebut sebagai ekspresi temporal (temporal expression).

Ekspresi temporal

Gambar 1. Contoh hasil analisis Northern Blotting yang menunjukkan terjadinya ekspresi temporal (Temporal Expression) dari gen 1 dan gen 2. Ekspresi gen 1 dan gen 2 diamati selama periode waktu T1, T2, T3, dan T4. Kuantitas pita DNA internal marker sebagai kontrol - yang sama untuk setiap sampel mengindikasikan bahwa jumlah total RNA yang dianalisis dalam setiap sampel sama kuantitasnya. Namun demikian, jumlah RNA yang terakumulasi, baik untuk gen 1 da gen 2 meningkat dalam periode waktu T1 - T4. Berarti peningkatan akumulasi RNA pada hasil tersebut memang betul-betul terjadi dan bukan karena kesalahan memasukkan sampel yang terlalu banyak kuantitasnya pada satu lajur dibandingkan dengan lajur yang lain.

Dalam Gambar 1. diilustrasikan contoh hasil analisis ekspresi temporal dari gen 1 dan gen 2, yang ternyata mempunyai pola sama. Dengan bertambahnya waktu (dari T1 – T4), ekspresi gen 1 dan gen 2 mengalami peningkatan. Ekspresi maksimum yang dicatat terjadi pada waktu T4, baik untuk gen 1 dan gen 2.

Analisis ekspresi temporal (Temporal Expression) umumnya dievaluasi dengan menggunakan teknik Northern Blotting. Dalam hal ini, total RNA diisolasi dari jaringan tanaman pada periode waktu atau pada perkembangan jaringan tanaman yang berbeda. Pada Gambar 1, total RNA diisolasi dari jaringan pada waktu T1, T2, T3, dan T4. Selanjutnya, total RNA yang diisolasi digunakan dalam analisis Northern Blotting.

Sudah menjadi ketentuan tidak tertulis yang harus dipenuhi, dalam analisis ekspresi gen yang sifatnya regulated, maka perlu digunakan kontrol internal yang fungsinya mendeteksi apakah kuantitas total contoh RNA yang dianalisis di setiap lajurnya sama banyak atau tidak. Kontrol internal yang digunakan biasanya berupa gen yang ekspresinya konstitutif. Contoh gen yang dapat dijadikan sebagai kontrol internal adalah gen penyandi ribosomal RNA (rDNA), penyandi ubiquitin, penyandi protein histone, dan lain-lain yang sifat ekspresinya konstitutif. Keberadaan kontrol internal dalam analisis ekspresi gen seperti ini sangat penting serta erat hubungannya dengan interpretasi data yang dihasilkan.

Demikianlah sedikit penjelasan tentang apa yang dimaksud dengan ekspresi temporal (Temporal Expression) dalam rekayasa genetika tanaman. Semoga sedikit penjelasan yang diuraikan diatas dapat membantu menambah pemahaman bagi kolega yang membacanya. Semoga juga dapat menjadi sepotong kecil ‘gading atau belang yang dapat ditinggalkan bagi rekan sejawat sekalian. Feedback dan masukan dari teman-teman sangat diharapkan untuk meningkatkan pemahaman bersama, silakan berikan feedback dan masukan di kolom komentar.

Related articles

About PMB Lab: Prof. Sudarsono

This blog is dedicated as a communication media among alumni associated with PMB Lab, Dept. of Agronomy and Horticulture, Fac. of Agriculture, IPB, Bogor – Indonesia. It contains various information related to alumni activities, PMB Lab’s on going activities and other related matters.
This entry was posted in Kuliah (Courses), Q & A, Serbaneka Info and tagged , , . Bookmark the permalink.

One Response to Q & A : Terkait Ekspresi Gen, Apa yang Dimaksud Dengan Ekspresi Temporal (Temporal Expression)?

  1. Thanks for your information. Itu sangat membantu dalam memahami penelitianku :’)

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s