Thinking to Do Something About Next Generation Sequencing? Upgrade Your Computing Power First!

Next Generation Sequencing (NGS) merupakan istilah yang sedang ngetrend akhir-akhir ini, terutama bagi para peneliti yang bekerja di tingkat molekuler. Namun demikian, karena NGS menghasilkan data yang sangat besar, analisisnya pun memerlukan computing power yang sepadan. Berapakah computing power yang diperlukan untuk melakukan analisis data NGS?

Jawaban dari pertanyaan tersebut mungkin tidak terlalu mudah diformulasikan. Tetapi gambaran berikut yang disitir dari salah satu perangkat lunak untuk keperluan analisis data NGS mungkin mampu memberikan gambaran jawaban dari pertanyaan di atas.


“SOAPdenovo-Trans is a de novo transcriptome assembler basing on the SOAPdenovo framework, adapt to alternative splicing and different expression level among transcripts.The assembler provides a more accurate, complete and faster way to construct the full-length transcript sets. SOAPdenovo-Trans aims for the transcript assembly. It runs on 64-bit/32-bit Linux/MAC OS systems. For animal transcriptomes like human, about 25-30GB memory would be required.”

Jadi, sebelum berfikir untuk memulai penelitian yang memanfaatkan teknologi NGS, tidak ada salahnya untuk merealisasikan computing power yang sepadan untuk melakukan analisis datanya. Dengan demikian, ketika data NGS telah dihasilkan, andapun siap untuk mengurai apa isi di dalam datanya dan dapat mensarikan apa makna biologis dari datanya.

Jangan sampai terjadi data NGS sudah ditangan, tetapi tidak bisa dilakukan apapun karena sang peneliti tidak siap dengan infrastruktur yang diperlukan untuk melakukan analisis datanya. Kalau ini sampai terjadi, berarti terulang kembali anekdot petani cengkeh atau kakao yang ketika panen raya langsung membelanjakan hasil panennya dengan membeli kulkas dan TV. Setelah dikirim ke rumah, ternyata belum ada aliran listrik yang diperlukan untuk menyalakannya. Akhirnya difungsikanlah sang almari es sebagai almari pakaian, daripada mubadzir dan tidak digunakan. Entah digunakan untuk apa televisi yang terlanjur dibeli karena informasi yang ada tidak menjelaskan tentang pemanfaatan TV selanjutnya.

Salam semangat…!

About PMB Lab: Prof. Sudarsono

This blog is dedicated as a communication media among alumni associated with PMB Lab, Dept. of Agronomy and Horticulture, Fac. of Agriculture, IPB, Bogor – Indonesia. It contains various information related to alumni activities, PMB Lab’s on going activities and other related matters.
This entry was posted in Research Project, Serbaneka Info and tagged , , , . Bookmark the permalink.

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s