Tag Archives: Linkage analysis

What is linkage drag and how to overcome the drag related problem?

Question: The question discussed here is related to the following question: How we can remove linkage drags? – Available from: https://www.researchgate.net/post/How_we_can_remove_linkage_drags [accessed Aug 11, 2016]. In relation to those, Micha Graciana Devi have raised some more questions and here are … Continue reading

Posted in News from PMB Lab, Q & A | Tagged , | Leave a comment

Q&A in AGH635 Course: Mendelian Segregation to Estimate Number of Locus and Co-segregation to Evaluate Linkage Between Loci

Once my student taking AGH635. Molecular and Cellular Analysis in Plant Breeding Course raised the following case: “I have collected 200 accessions of plants randomly collected from 20 different provinces in Indonesia. The accessions were brought to and evaluated in … Continue reading

Posted in Kuliah (Courses), Q & A | Tagged , , , | 1 Comment

Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Part 5 – Bulk Segregant Analysis (BSA)

Dalam postingan sebelumnya (Q and A: Mapping Population Part 3 – F2 Backcross dan-populasi-yang-terkait), telah dibahas dan didiskusikan masalah populasi Near Isogenic Line (NIL), yang dapat digunakan sebagai Mapping Population. Populasi NIL sangat cocok untuk mengevaluasi dan menentukan marker yang … Continue reading

Posted in Kuliah (Courses), Q & A | Tagged , , , , , | 1 Comment

Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Part 4 – Pseudo-Test Cross (Populasi F1 yang Diasumsikan sebagai Populasi BC1)

Pada tanaman setahun, pertumbuhan tanaman dari sejak perkecambahan, periode siklus pertumbuhan vegetatif, hingga siklus generatifnya relatif pendek (misalnya antara 4-6 bulan). Pembuatan berbagai macam tipe mapping population relatif mudah untuk dilakukan. Tetua P1 dan P2 yang homosigot dapat dihasilkan dalam … Continue reading

Posted in Kuliah (Courses), Q & A | Tagged , , , , , | 1 Comment

Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Part 3 – F2 Backcross dan Populasi yang Terkait

Dalam posting sebelumnya telah dibahas tentang pemtingnya membuat Mapping Population [lihat Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Versus Association Map (Linkage) Analysis] dan contoh bentuk Mapping Population yang berupa F2 Intercross (lihat: Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Part 2 … Continue reading

Posted in Kuliah (Courses), Q & A | Tagged , , , , , | 1 Comment

Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Part 2 – F2 Intercross

Setelah memahami mengapa perlu membuat Mapping Population sebagaimana yang dijelaskan dalam posting sebelumnya [lihat Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Versus Association Map (Association Linkage) Analysis], pertanyaan berikutnya adalah bagaimana dan apa saja macam Mapping Population yang dapat digunakan? Dalam … Continue reading

Posted in Kuliah (Courses), Q & A | Tagged , , , , , | 4 Comments

Q&A in AGH635 Course: Mapping Population Versus Association Map (Linkage) Analysis

Ketika membaca disertasi dan thesis mahasiswa pascasarjana, kita seringkali menjumpai topik-topik penelitian yang memakai analisis marker molekuler dalam penelitian disertasinya. Berkaitan dengan hal tersebut, ada baiknya kita bersama-sama mencoba memahami beberapa ilustrasi di bawah ini: CASE A: ada 1000 individu … Continue reading

Posted in Kuliah (Courses), Q & A | Tagged , , , , | 3 Comments